Venne costruito dall’Universitas di Matera nel 1348 dopo una pestilenza che colpì la città. Nel 1604 venne ceduto ai francescani riformati e trasformato in convento. Un nuovo ospedale venne costruito quindi a fianco della chiesa di Santa Maria La Nova (oggi Chiesa di San Giovanni Battista) a partire dal 1610, e affidato ai Padri Ospedalieri di San Giovanni di Dio nel 1726. Dopo una serie di ampliamenti e modifiche, l’edificio viene adibito a carcere nel 1825, a rifugio antiaereo nel 1942 e a spazio culturale in tempi odierni.